Nördlich der Donau sind die Ortschaften Hornstorf, Sossau und Unterzeitldorn Teil der Stadt, sowie der Bereich der Öberauer Schleife, eines Altwasserarms der Donau, mit dem gleichnamigen Weiler. Südlich der Donau sind der Ort Kay und der Weiler Ehetal Teil des Stadtgebiets. In Ost-West-Richtung erreicht das Gebiet eine Ausdehnung von 13,5 Kilometern, in Nord-Süd-Richtung von 9,2 Kilometern. Die Stadt Straubing ist aufgrund ihrer Größe nicht in Bezirke unterteilt.Das Stadtgebiet ist vollständig vom Landkreis Straubing-Bogen umschlossen.